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中国农业科学院北京畜牧兽医研究所中心实验室第二届生物信息学培训班通知

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  近年,肠道菌微生物相关研究突飞猛进,为临床医学、营养学、食品科学、动物科学带来全新气象。为促进科研人员对肠道微生物的了解和学习,推动肠道微生物研究在各学科领域应用及发展,北京畜牧兽医研究所中心实验室拟于 2019 年 5 月 7 日-5月 10 日召开第二届生物信息学培训班。本次培训班由动物营养学国家重点实验室基因组平台与美国俄亥俄州立大学食品、农业和环境科学学院联合举办,特邀请北京畜牧兽医研究所特聘研究员于忠堂教授和Tansol Park博士(简历见附件 1)专程授课,对学员进行理论、操作、数据分析等培训。

 

  培训目的:

 

  本培训班向参会学员介绍基本概念、实际操作、数据分析等内容。采取专家授课,理论课与实践课相结合,讲师与学员研讨的方式进行,提供充足的实际操作机会,让每个参加研讨会人员学有所成。

 

  培训对象:

 

  从事生命科学、农学等领域的科研工作者、高校教师及研究生,及从事肠道微生物分析的技术人员。

 

  培训内容:

 

  Day 1上:肠道微生物组的基本概念-教室授课

  A. 肠道微生物组的基本概念和研究发展简史;

  B. 细菌、古生菌、真菌及原生动物的系统分类学;

  C. 瘤胃和动物肠道内常见的微生物菌群;

  D. 胃肠道微生物研究中经常遇到的问题;

  E. 微生物分析试验设计涉及的相关重要事项;

  Day 1下:Linux系统和QIIME2的介绍-实验室授课和实操

  A. 虚拟机安装到Windows;

  B. QIIME2在虚拟机及Linux系统下的安装;

  C. 软件常见命令的介绍

  D. 本次培训所需的其它环境的安装

 

  Day 2上:肠道微生物组多样性专题1-教室授课

  肠道微生物研究中的重要问题
研究项目的设计与执行—棕榈酸(C16:0)对消化和对瘤胃以及粪便微生物组的影响

  1)整体实验设计;2)需要分析的类别;3)样本收集和保存;

  4)用于肠道微生物宏基因组分析的标记基因的选择;

  5)宏基因组DNA提取;6)扩增子库的制备;7)DNA测序平台的介绍与选择

  Day 2下: DNA提取和文库扩增—实验室实操

  A. 从选择的样本中提取DNA (3人/组)

  B. 质量评估与定量

  C. 扩增子库的制备(使用两步法)

  D. 扩增文库的质量检查

 

  Day 3上:肠道微生物组多样性专题3-教室授课

  研究项目的设计与执行—棕榈酸(C16:0)对消化和对瘤胃以及粪便微生物组的影响(续)

  1)Miseq测序数据的生物信息分析流程;2)数据处理与质控;

  3)操作分类单元(OTU)的选取和代表序列的选择;

  4)扩增子序列变异体(ASV)的选取;5)代表性OTU序列的分类;

  6)如何深入理解每个样品的α多样性;7)如何深入理解不同样品间的β多样性;

  8)如何针对科学问题对数据进行展示和说明

 

  Day3下:QIIME2-实验室实操

  A. QIIME2分析流程介绍;

  B. QIIME2分析流程解释与示范;

  C. 微生物组数据的多变量分析

 

  Day 4上:肠道微生物宏基因组学研究-教室授课

  A. 为什么选择宏基因组学?

  B. 依据菌群16S rRNA测序数据预测功能多样性-PICRUSt2

  C. 宏基因组鸟枪测序, 短序列组装, 基因预测, 基因注释

 

  Day 4下:功能预测和网络互作分析-实验室授课和实操

  A. PICRUSt2功能预测;

  B. 利用STAMP对功能性状进行统计分析;

  C. 利用SCNIC和Gephi可视化分析网络互助;

  D. 问答环节

 

  学员自备电脑的配置要求:

 

  Intel第6代i5或i7 处理器(64 bits)及以上;Windows 7(64 bits)及以上;内存8 GB;可用硬盘100 GB。

 

  培训特色:

 

  特色一:整体引进美国俄亥俄州立大学最前沿技术作为培训教程;

  特色二:理论和实践相结合,保证学员有充足实操实践;

  特色三:授课内容丰富,涵盖了肠道微生物分析的各个步骤和环节。

 

  培训费:

 

  2019年4月10日前缴费,每人2500元/人,学生2000元;

  2019年4月20日后缴费,每人3000元/人,学生2500元;

  现场缴费:每人4000元/人,学生3500元;所开具的发票为培训费。

  培训费包含培训资料费、培训期间的午、晚餐费用,但住宿及往返车票自理。

 

  培训费交付方式:

 

  1)银行转账

  户名:中国农业科学院北京畜牧兽医研究所

  银行账号:11050101040010287

  开户行:中国农业银行北京市分行海淀支行营业部

  2)刷卡支付(培训支持现场付费,但参会者必需在报道截止日前在线或邮件反馈回执表)

  汇款后请将汇款凭据发email至myszxsys@sina.com,以确保汇款安全到账,也可以在大会报到时提交汇款凭据,以便查询。由于人数众多,请提早报名,以便统计安排相关事宜!非常感谢您的支持与配合!

 

  优惠项目:

 

  培训班学员,今后在中心实验室进行基因组学相关分析,数据分析费按 8 折给予优惠。

  报道时间:2019 年 5 月 6 日全天-5 月 7 日上午9点

  培训时间:2019 年 5 月 7 日-5 月 10 日

  培训地点:中国农业科学院北京畜牧兽医研究所,牧医1号楼三层报告厅

 

  友情提示:

 

  本次培训包含微生物宏基因组测序原理、操作及后续数据分析,请学员自带笔记本电脑。

  联 系 人:李明 卢凌 饶正华

  联系电话:010-62816076、15801609856、18515281695

  电子邮件:myszxsys@sina.com

 

  北京畜牧兽医研究所中心实验室

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