截止2006年底，全院拥有科研仪器设备价值62153.6万元,单价10万元以上仪器总值26651.4万元,占43%。单价10万元以上设备867台套，200万元以上8台套。　

　　1.特色高新尖端的实验室仪器设备
　　(1)元素分析仪－气相色谱－同位素质谱（Finnigan MAT DeltaplusXP）
　　用于测定C、N、O、S、H的同位素的比例。用元素分析仪作为制备系统，可直接进行植物、土壤等样品测定；用气相色谱作为制备系统，可进行有机样品测定。

　　(2)流动注射分析仪（QuikChem8000）
　　采用USEPA / ISO / DIN标准，可全自动完成每一个分析样品整体分析过程，包括标准系列配制、取样、前处理、化学反应、检测、数据报告。每小时可检测项目60－150个，灵敏度可高达ppb级。

　　(3) 原子吸收（AA-6800）
　　采用双原子化器实现了火焰/石墨炉自动切换功能，可快速、精确测定环境介质（水、土、气）以及植株、食品等样品的20多种金属原子含量。

　　(4) 气质联用仪
　　该仪器配备电离源（EI）、化学电离源（PCI和NCI）、大体积进样口（PTV）和直接进样口，主要用于多组分农药残留和未知物质的定性和定量分析。

　　(5)高压液相色谱仪
　　配备二极管阵列检测器、荧光检测器和视差检测器。主要用于维生素、植物激素、大豆异黄酮、有机酸、各种糖类的检测。

　　(6) 气相色谱仪
　　该仪器主要用于农药残留、脂肪酸、植物生长调节剂等物质的分析。

　　(7) LI-COR双红外染色全自动DNA测序系统
　　该系统利用Sanger双脱氧末端终止法的原理和使用专利的红外荧光染料来进行核酸的序列测定，用于序列阅读、Genotyping、突变检测和多态性筛选等方面研究。

　　(8) Leica 细胞遗传学图像分析系统（万能显微镜）
　　具有明场、暗场、相衬、偏光、荧光、微分干涉相衬等观测功能，可照相和利用摄像头进行图像传输，并完成Q-FISH图像分析与染色体配对分析等研究工作。

　　(9) 基因导入仪（PDS－1000）
　　利用物理方法，直接利用微弹将目的基因导入实验材料中，实现基因的插入表达。

　　(10) AFS920原子荧光光谱仪
　　我国唯一领先于世界的分析仪器。主要用于分析烟草和食品中的重金属。

　　2. 自主研发仪器设备
　　(1) DG-1型电脉冲植物愈伤组织激活仪

　　(2)NTART－1型黄曲霉毒素速测仪
　　高效、快速、准确检测食品中剧毒物黄曲霉毒素含量，为食品质量安全检测提供重要技术支撑，科技日报等多家媒体报道，该仪器和技术获“新技术、新思维、新发明”国际银奖

　　(3) NYDL－2000优质油菜速测仪
　　同机快速准确测定油菜籽中芥酸和硫甙含量，为双低油菜产品质量安全水平提高与产业化提供了关键技术支撑，在全国油菜主产区广泛应用，产生巨大社会经济效益，2004年获国家科技进步二等奖。